MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Pseudomonas stutzeri RCH2 plasmid pPSEST01

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019937	AC	3	6	952	957	50 %	0 %	0 %	50 %	431929446
2	NC_019937	ATC	2	6	1030	1035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431929446
3	NC_019937	GC	3	6	1062	1067	0 %	0 %	50 %	50 %	431929446
4	NC_019937	GGC	2	6	1153	1158	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431929446
5	NC_019937	GAT	2	6	1200	1205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929446
6	NC_019937	CTG	2	6	1227	1232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929446
7	NC_019937	ACCT	2	8	1266	1273	25 %	25 %	0 %	50 %	431929446
8	NC_019937	GTC	2	6	1684	1689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929447
9	NC_019937	CGC	3	9	1694	1702	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929447
10	NC_019937	CTG	2	6	1833	1838	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929447
11	NC_019937	TTC	2	6	1842	1847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929447
12	NC_019937	AGC	2	6	1861	1866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929447
13	NC_019937	CTC	2	6	1917	1922	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	431929447
14	NC_019937	GCCA	2	8	1934	1941	25 %	0 %	25 %	50 %	431929447
15	NC_019937	CTT	2	6	1968	1973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929447
16	NC_019937	GCT	2	6	1988	1993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929447
17	NC_019937	AGG	2	6	2088	2093	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	431929447
18	NC_019937	AGG	2	6	2134	2139	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	431929447
19	NC_019937	GTA	2	6	2939	2944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929448
20	NC_019937	GCCT	2	8	2977	2984	0 %	25 %	25 %	50 %	431929448
21	NC_019937	AGA	2	6	2988	2993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431929448
22	NC_019937	GAT	2	6	3003	3008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929448
23	NC_019937	GCA	3	9	3058	3066	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929448
24	NC_019937	GAA	2	6	3139	3144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431929448
25	NC_019937	A	6	6	3215	3220	100 %	0 %	0 %	0 %	431929448
26	NC_019937	T	6	6	3576	3581	0 %	100 %	0 %	0 %	431929449
27	NC_019937	AAG	2	6	3582	3587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431929449
28	NC_019937	GCA	2	6	3727	3732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929449
29	NC_019937	CGA	2	6	3756	3761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929449
30	NC_019937	CGA	2	6	3803	3808	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929449
31	NC_019937	TGGT	2	8	4103	4110	0 %	50 %	50 %	0 %	431929450
32	NC_019937	GAA	2	6	4117	4122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431929450
33	NC_019937	GCGA	2	8	4219	4226	25 %	0 %	50 %	25 %	431929450
34	NC_019937	ACA	2	6	4250	4255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431929450
35	NC_019937	CAA	2	6	4452	4457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431929451
36	NC_019937	GAAGA	2	10	4545	4554	60 %	0 %	40 %	0 %	431929451
37	NC_019937	ACC	2	6	4659	4664	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431929451
38	NC_019937	CTG	2	6	4668	4673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929451
39	NC_019937	AAAG	2	8	4692	4699	75 %	0 %	25 %	0 %	431929451
40	NC_019937	CT	3	6	4879	4884	0 %	50 %	0 %	50 %	431929451
41	NC_019937	ACG	2	6	4907	4912	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929451
42	NC_019937	GAA	2	6	4920	4925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431929451
43	NC_019937	CCT	2	6	4952	4957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	431929451
44	NC_019937	CT	3	6	4989	4994	0 %	50 %	0 %	50 %	431929451
45	NC_019937	TCG	2	6	5206	5211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929452
46	NC_019937	CGA	2	6	5261	5266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929452
47	NC_019937	TGA	2	6	5309	5314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929452
48	NC_019937	GCC	2	6	5417	5422	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929453
49	NC_019937	CCT	2	6	5429	5434	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	431929453
50	NC_019937	GCA	2	6	5447	5452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929453
51	NC_019937	CGG	2	6	5486	5491	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431929453
52	NC_019937	GTA	2	6	5541	5546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929453
53	NC_019937	CAT	2	6	5730	5735	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431929454
54	NC_019937	AG	3	6	5748	5753	50 %	0 %	50 %	0 %	431929454
55	NC_019937	CGC	2	6	5787	5792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929454
56	NC_019937	ATC	2	6	5860	5865	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431929454
57	NC_019937	AGCA	2	8	5898	5905	50 %	0 %	25 %	25 %	431929454
58	NC_019937	CAG	2	6	5981	5986	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929455
59	NC_019937	ACC	2	6	6025	6030	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431929455
60	NC_019937	ACC	2	6	6121	6126	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431929455
61	NC_019937	TCGT	2	8	6164	6171	0 %	50 %	25 %	25 %	431929455
62	NC_019937	GCT	2	6	6640	6645	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929456
63	NC_019937	CCCTT	2	10	6669	6678	0 %	40 %	0 %	60 %	431929456
64	NC_019937	CTG	2	6	6706	6711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929456
65	NC_019937	TCGC	2	8	6794	6801	0 %	25 %	25 %	50 %	431929456
66	NC_019937	GC	3	6	6800	6805	0 %	0 %	50 %	50 %	431929456
67	NC_019937	TGA	2	6	6817	6822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929456
68	NC_019937	CTC	2	6	6842	6847	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	431929456
69	NC_019937	TTC	2	6	6882	6887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929456
70	NC_019937	CCG	2	6	6915	6920	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929456
71	NC_019937	GGCCTT	2	12	6947	6958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929456
72	NC_019937	TCG	2	6	6978	6983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929456
73	NC_019937	GCA	2	6	6984	6989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929456
74	NC_019937	GCT	2	6	7009	7014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929456
75	NC_019937	TGA	2	6	7035	7040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929456
76	NC_019937	GACA	2	8	7065	7072	50 %	0 %	25 %	25 %	431929456
77	NC_019937	CAGTG	2	10	7089	7098	20 %	20 %	40 %	20 %	431929456
78	NC_019937	GCC	2	6	7260	7265	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929456
79	NC_019937	GCA	2	6	7288	7293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929456
80	NC_019937	GCA	2	6	7318	7323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929456
81	NC_019937	GCT	2	6	7324	7329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929456
82	NC_019937	GCT	2	6	7361	7366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929456
83	NC_019937	CG	3	6	7441	7446	0 %	0 %	50 %	50 %	431929456
84	NC_019937	GGC	2	6	7529	7534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431929456
85	NC_019937	ACC	2	6	7590	7595	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431929456
86	NC_019937	AG	3	6	7596	7601	50 %	0 %	50 %	0 %	431929456
87	NC_019937	TCG	2	6	7653	7658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929456
88	NC_019937	AAC	2	6	7707	7712	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431929456
89	NC_019937	ACG	2	6	7752	7757	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929456
90	NC_019937	CGTGG	2	10	7885	7894	0 %	20 %	60 %	20 %	431929456
91	NC_019937	GAA	2	6	7963	7968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431929456
92	NC_019937	CTTC	2	8	8287	8294	0 %	50 %	0 %	50 %	431929457
93	NC_019937	GCCTC	2	10	8443	8452	0 %	20 %	20 %	60 %	431929457
94	NC_019937	GTC	2	6	8492	8497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929457
95	NC_019937	TTA	2	6	8568	8573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	431929457
96	NC_019937	T	6	6	8604	8609	0 %	100 %	0 %	0 %	431929457
97	NC_019937	CTT	3	9	8621	8629	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929457
98	NC_019937	GCT	2	6	8652	8657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929457
99	NC_019937	TTC	2	6	8664	8669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929457
100	NC_019937	T	6	6	8678	8683	0 %	100 %	0 %	0 %	431929457
101	NC_019937	TCA	2	6	8709	8714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431929457
102	NC_019937	CCACCG	4	24	8772	8795	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	431929457
103	NC_019937	GCT	2	6	8802	8807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929457
104	NC_019937	TCC	2	6	8813	8818	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	431929457
105	NC_019937	CAG	2	6	8824	8829	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929457
106	NC_019937	TCA	2	6	8845	8850	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431929457
107	NC_019937	CAG	2	6	8875	8880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929457
108	NC_019937	ATT	2	6	8885	8890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	431929457
109	NC_019937	GCTC	2	8	8979	8986	0 %	25 %	25 %	50 %	431929457
110	NC_019937	CTT	2	6	8989	8994	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929457
111	NC_019937	GC	3	6	9030	9035	0 %	0 %	50 %	50 %	431929457
112	NC_019937	TGC	2	6	9044	9049	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929457
113	NC_019937	TTC	2	6	9101	9106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929457
114	NC_019937	GAAA	2	8	9191	9198	75 %	0 %	25 %	0 %	431929457
115	NC_019937	CGA	2	6	9307	9312	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929457
116	NC_019937	GGC	2	6	9316	9321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431929457
117	NC_019937	TGT	2	6	9331	9336	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	431929457
118	NC_019937	CGT	2	6	9436	9441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929457
119	NC_019937	GTT	2	6	9461	9466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	431929457
120	NC_019937	GAC	2	6	9584	9589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929457
121	NC_019937	CAG	2	6	9590	9595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929457
122	NC_019937	ATC	2	6	9605	9610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431929457
123	NC_019937	CTC	2	6	9644	9649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	431929457
124	NC_019937	CTT	2	6	9658	9663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929457
125	NC_019937	AGC	2	6	9789	9794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929457
126	NC_019937	AGT	2	6	9859	9864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929457
127	NC_019937	GA	3	6	9897	9902	50 %	0 %	50 %	0 %	431929457
128	NC_019937	CTT	2	6	9928	9933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929458
129	NC_019937	GCG	2	6	9949	9954	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431929458
130	NC_019937	GCC	2	6	10022	10027	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929458
131	NC_019937	ATGTTG	2	12	10091	10102	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	431929458
132	NC_019937	CAG	2	6	10143	10148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929458
133	NC_019937	TGC	2	6	10219	10224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929458
134	NC_019937	GCT	2	6	10251	10256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929458
135	NC_019937	GTCG	2	8	10288	10295	0 %	25 %	50 %	25 %	431929458
136	NC_019937	ACA	2	6	11022	11027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431929459
137	NC_019937	ATTC	2	8	11059	11066	25 %	50 %	0 %	25 %	431929459
138	NC_019937	CTG	2	6	11101	11106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929459
139	NC_019937	GCA	2	6	11126	11131	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929459
140	NC_019937	CCTGG	2	10	11133	11142	0 %	20 %	40 %	40 %	431929459
141	NC_019937	CGT	2	6	11153	11158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929459
142	NC_019937	TG	3	6	11184	11189	0 %	50 %	50 %	0 %	431929459
143	NC_019937	ATC	2	6	11236	11241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431929459
144	NC_019937	CAG	2	6	11261	11266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929459
145	NC_019937	TGC	2	6	11270	11275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929459
146	NC_019937	CGC	2	6	11312	11317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929459
147	NC_019937	AGC	2	6	11388	11393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929459
148	NC_019937	GGC	2	6	11527	11532	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431929459
149	NC_019937	GAA	2	6	11545	11550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431929459
150	NC_019937	ATGAGT	2	12	11589	11600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929459
151	NC_019937	A	8	8	11611	11618	100 %	0 %	0 %	0 %	431929460
152	NC_019937	CAA	2	6	11768	11773	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431929460
153	NC_019937	GCT	2	6	11804	11809	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929460
154	NC_019937	TAG	2	6	11877	11882	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431929461
155	NC_019937	GC	3	6	11900	11905	0 %	0 %	50 %	50 %	431929461
156	NC_019937	GC	3	6	11944	11949	0 %	0 %	50 %	50 %	431929461
157	NC_019937	GCA	2	6	12095	12100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929461
158	NC_019937	CTG	2	6	12123	12128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929461
159	NC_019937	T	6	6	12168	12173	0 %	100 %	0 %	0 %	431929461
160	NC_019937	CTC	2	6	12280	12285	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	431929461
161	NC_019937	GCC	2	6	12347	12352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929461
162	NC_019937	GC	3	6	12491	12496	0 %	0 %	50 %	50 %	431929461
163	NC_019937	TCT	2	6	12497	12502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431929461
164	NC_019937	GCC	2	6	12512	12517	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929461
165	NC_019937	CGA	2	6	12546	12551	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929461
166	NC_019937	CAG	2	6	12582	12587	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431929461
167	NC_019937	GCC	3	9	12649	12657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431929461
168	NC_019937	CGCA	2	8	12673	12680	25 %	0 %	25 %	50 %	431929461
169	NC_019937	CCA	2	6	12692	12697	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431929461
170	NC_019937	GCT	3	9	12716	12724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431929461

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.